Un sitio Web del ARS provee muchos datos sobre estudios del tomate

Por Luis Pons
16 de marzo 2006

Estudios importantes por el Servicio de Investigación Agrícola (ARS) sobre genes que controlan la maduración y el contenido nutritivo del tomate forman el fundamento de la Base de Datos de Expresión del Tomate (TED por sus siglas en inglés), un sitio Web de la Universidad Cornell financiado por ARS y la Fundación Nacional de Ciencia (NSF).

El sitio Web, parte del Proyecto del Genoma del Tomate de NSF, les da a los investigadores un acceso mundial a los datos que ellos pueden usar para desarrollar nuevas teorías sobre la genética del tomate – y ampliar lo que ya se sabe de este alimento popular.

TED consiste en cuatro secciones creadas y mantenidas por el biólogo molecular James Giovannoni del Laboratorio Estadounidense de Planta, Suelo y Nutrición mantenido por ARS en Ithaca, Nueva York, en colaboración con Cornell, la Universidad de la Florida, y el Instituto de Bioinformáticas de Virginia, parte de la Universidad de Virginia Tech.

Giovannoni ha dirigido investigaciones importantes por ARS y otras instituciones que han identificado genes claves que controlan la maduración de tomates. TED provee datos de escala amplia de la expresión de genes del tomate que son generados de "microarreglos" – colecciones de muestras microscópicas de ADN que les permiten a los científicos a evaluar miles de genes en un organismo.

Una sección del TED es el "deposito" del almacenaje de datos de microarreglos del tomate, el cual sirve como una fuente de información de nueva investigación.

La base de datos de expresión de microarreglos de TED, mientras tanto, ofrece información analizada en el laboratorio de Giovannoni sobre la expresión de gene relacionada al desarrollo de fruta y maduración. También contiene datos que permite comparaciones entre tomates normales y mutantes.

La base de datos de expresión digital del sitio Web presenta información que es similar, pero basada en secuencias expresadas 'tag'. Estas secuencias identifican los genes a través de expresión en ARN que son reflejados en ADN. La cuarta base de datos, la base de datos metabolito del tomate, tiene información sobre la composición química de tomates, junto con datos comparativos de expresión de gene. Es diseñada para ayudar investigadores a desarrollar y ensayar hipótesis sobre cómo los atributos de sabor y textura del tomate son regulados.

El sitio TED también permite a los utilizadores registrados a someter nuevos datos.

Según Giovannoni, financiamiento reciente del NSF permitirá una expansión del sitio de TED, el cual es accesible por Internet en: http://ted.bti.cornell.edu.

ARS es la agencia principal de investigaciones científicas del Departamento de Agricultura de Estados Unidos.